-- PROGRESSIVE (similarity) ALIGNMENT -- Blosum62 Sequences are entered in the following order: 1)XCPN XASACPN.TXT 2)XCTR XASACTR.TXT 3)GADC GADCLLA.TXT 4)XECO XASAECO.TXT 5)ORF5 ORF54CPE.TXT 6)YGJI YGJIECO.TXT 7)YJEM YJEMECO.TXT 8)ORF1 ORF1ECO.TXT ---- Alignment ---- *** (gap penalty = 6) *** XCPN M H XCTR M H GADC M XECO M A ORF5 M S YGJI M S YJEM M G T C Y T R A E M K ORF1 M N L L F H T L L F C F F Y L T C F I P N F I R L K I K C A A G Y N F XCPN S H S K_P T K P L G_ XCTR H R K_S S T S L G_ GADC N Q K_K L S L F G_ XECO T S V Q T G K A K_Q L T L L G_ ORF5 E R K_R S L S S G_ YGJI D T K_R N T I G_ YJEM D G F M P H T I K_K M S L I G_ ORF1 A F R Y F R T S Y L P R I I P R F T D A P L I L A K_D L S M A G_N V Q XCPN T F T V G M L S L A V V_I S L R N L P L T A K H G L S T L XCTR T F T V G M L S L A V V_I S L R N L P L T A K H G L S T L GADC F F A L T A S M V_L T V Y E Y P T F A T S K L H L V XECO F F A I T A S M V_M A V Y E Y P T F A T S G F S L V ORF5 A L M L M T F T A V_F S F G N I I D S S 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sequences with gaps = 617 Average sequence length: 497 Percent identity (based on aligned regions): XCPN XCTR GADC XECO ORF5 YGJI YJEM ORF1 XCPN 0.00 76.56 32.83 29.00 23.43 20.04 21.24 18.93 XCTR 76.56 0.00 35.15 30.07 25.27 18.83 18.93 19.06 GADC 32.83 35.15 0.00 53.60 23.53 20.04 20.35 17.70 XECO 29.00 30.07 53.60 0.00 19.33 20.30 20.39 19.61 ORF5 23.43 25.27 23.53 19.33 0.00 40.21 25.59 25.49 YGJI 20.04 18.83 20.04 20.30 40.21 0.00 23.48 20.39 YJEM 21.24 18.93 20.35 20.39 25.59 23.48 0.00 21.09 ORF1 18.93 19.06 17.70 19.61 25.49 20.39 21.09 0.00 Distance scores for phylogenetic tree: XCPN XCTR GADC XECO ORF5 YGJI YJEM ORF1 XCPN 0.00 19.17 97.68 110.07 132.73 157.12 161.17 168.43 XCTR 19.17 0.00 92.51 107.79 125.73 156.76 167.47 169.44 GADC 97.68 92.51 0.00 49.92 130.71 151.02 153.71 170.43 XECO 110.07 107.79 49.92 0.00 139.55 156.10 153.44 167.40 ORF5 132.73 125.73 130.71 139.55 0.00 76.74 125.33 127.44 YGJI 157.12 156.76 151.02 156.10 76.74 0.00 143.20 150.04 YJEM 161.17 167.47 153.71 153.44 125.33 143.20 0.00 145.86 ORF1 168.43 169.44 170.43 167.40 127.44 150.04 145.86 0.00 Branching order: (XCPN,XCTR)GADC)XECO)ORF5)YGJI)YJEM)ORF1) Clusters: (GADC,XECO) (ORF5,YGJI)YJEM)ORF1) A)XCPN XASACPN.TXT B)XCTR XASACTR.TXT C)GADC GADCLLA.TXT D)XECO XASAECO.TXT E)ORF5 ORF54CPE.TXT F)YGJI YGJIECO.TXT G)YJEM YJEMECO.TXT H)ORF1 ORF1ECO.TXT Branch lengths: (r1,r2,r3,r4,r5) (r6,r7,........) 10.21 8.96 42.45 21.77 28.15 25.02 37.30 27.31 49.43 21.96 73.94 -4.37 80.62 % s.d. (observed vs calculated) = 2.75